根据《中华人民共和国矿产资源法》第十一条的规定，国务院地质矿产主管部门主管全国矿产资源勘查、开采的监督管理工作。国务院有关主管部门协助国务院地质矿产主管部门进行矿产资源勘查、开采的监督管理工作。
省、自治区、直辖市人民政府地质矿产主管部门主管本行政区域内矿产资源勘查、开采的监督管理工作。省、自治区、直辖市人民政府有关主管部门协助同级地质矿产主管部门进行矿产资源勘查、开采的监督管理工作。

政府机构改革后，各级人民政府的地质矿产主管部门职能全部划归国土资源主管部门。因此，矿产资源管理职能由各级人民政府国土资源主管部门行使。